继条码存包柜问题之后的问题-食品安全问题，众多商家表示食品安全问题主要产生于进货渠道把关不严。超市为了规避因商品质量带来的经营风险，均与所有供货商签订了补充协议，出现质量问题而造成的罚款、罚没或赔偿，一切都由供货商承担，超市不负任何责任。然而，根据武汉市食品安全监管规定，超市在进货管理上必须建立索证索票制度，即每批食品在上柜销售之前，需要检查该批食品的检验合格证。
某超市销售的金银花蜂蜜涉嫌造假被查出，该超市负责人称，这种产品只在去年首次进货时检查过厂家证照和产品检验合格证。有关部门通过典型调查后分析，目前尚有五大问题制约着超市食品安全监管。首先，质量管理部门设置不当，不少超市将质量管理部门设在采购或营运部门，导致“进货人和销售人是一家人”；对加盟连锁店的管理力度不够，这是消费投诉最多和安全问题集中的环节；超市分店的检测力量薄弱，供应商向分店的直送食品存在监督漏洞；现场加工食品的原料质量控制存在隐患，一些连锁超市将过期的生鲜制品和原材料加工制作成食品；有的超市对供货商过低压价，导致产品质量下降。
执法人员在检查中发现，大多数超市却没有严格执行索证索票制度。超市方面对此作出解释，由于销售的商品种类繁多、数量巨大，逐一进行质量检验的实际操作难度较大，同时供货商也不愿承担过高的检验费用。于是，商品质量管理的索证索票制度这道安全防线未能落实到位。正因为出现如此的管理漏洞，结果导致大量不合格食品鱼目混珠地摆上了超市货架。热气腾腾的馒头、香气扑鼻的烤鸡、清新爽口的凉拌菜，各个超市的熟食柜台前选购的市民络绎不绝。目前，超市的自制食品越来越多，从烧烤、蒸煮、凉拌到压榨，经营品种涉及所有的餐饮食品。据中国连锁经营协会公布的调查显示，现有41%的超市在销售自制食品方面达到总销售额的3%以上。与此同时，超市熟食也成为不合格食品的“重灾区”。
据悉，我国正在修改制定的第一个超市食品安全规范，意欲封杀超市的食品安全监管漏洞。这项《规范》适用于经营有食品加工项目的超市、便利店和大型综合超市等业态，从采购、验收、储存、制作、销售、问题商品处理等方面对超市食品安全作出了明确规定。超市自制的生鲜产品，如可以直接烹调的配菜、熟食卤味等保质期不得超过当日。超过保质期限的食品应在经营场所内就地以捣碎、染色等破坏性方式实施销毁。散装食品应将不同生产日期的食品区分销售，并明确生产日期。如将不同生产日期的食品混装销售，则必须在标签上标注最早的生产日期和最短的保质期限。定量包装食品按照制造商标注于包装上的生产日期和保质期管理。散装食品标签标注的生产日期必须与生产者出厂时标注的生产日期相一致。
采购、配送中心和门店应在撤架指令下达后于最短的时间即48小时内完成问题商品下架和封存。新鲜蔬菜、水果的存放温度应控制在5～15℃，冷藏食品应储存在温度湿度适宜的冷藏库中，其他冷藏食品的存放温度应控制在零下4℃以下。要求冷冻存放的食品应储存在零下18℃以下的冷藏库中。从业人员应每年至少进行一次健康检查，必要时接受临时检查。对此，食品安全监管专业人士提出：随着年内《超市食品安全操作规范》的即将出台实施，国家有关部门应针对集加工、销售、运输、库存于一体的超市经营特点，进一步完善超市食品安全监管办法，集中调配相关职能部门的力量，统一领导，齐抓共管，切实把好超市的食品安全关。
从超市的消费投诉情况分析，有一半是反映自制食品的质量问题。对此，在超市里加工制作食品的商户表示，他们对食品安全的把握能力较弱。因为自制熟食是现做现卖和自产自销，即使事后检测发现质量问题也早已卖出去了，所以“事后监管的作用不大”。尽管每次被查出的问题食品得到撤柜、封存和销毁，但难以从根本上解决问题。